Evidencias de la evolución: Paleontológicas, anatómicas, embriológicas, genéticas y biogeografías  Las evidencias de que ha ocurrido y ocurre la evolución son extensas e incontrovertibles

Las evidencias de que ha ocurrido y ocurre la evolución son extensas e incontrovertibles; si miramos en cada nivel de organización de los sistemas vivos, podemos observar la firma de la evolución pasada y presente. En su libro El origen de las especies, Darwin dedicó una gran parte a la identificación de patrones en la naturaleza que fueran consistentes con la evolución, y debido a eso nuestra comprensión sobre la evolución es mayor y más clara.

Fósiles 

Los fósiles muestran la sucesión de la evolución y son una evidencia clara de que los organismos que vivieron en eras pasadas no son iguales a los que encontramos ahora. Los paleontólogos se encargan de estudiar los fósiles, determinan su edad y los categorizan para establecer cuáles organismos estaban relacionados entre sí. El registro fósil nos cuenta la historia de otras eras y la evolución de la forma con el paso de millones de años Se tienen registros fósiles detallados sobre la evolución de las ballenas y el caballo moderno; en Norteamérica el registro fósil de caballos es especialmente rico y en éste podemos encontrar muchos fósiles de transición que muestran una anatomía intermedia entre las formas primitivas y las formas más recientes. Los primeros registros fósiles del ancestro del caballo se remontan aproximadamente 55 millones de años; este ancestro de forma perruna dio origen a la primera especie parecida a un caballo, correspondiente al género Eohippus. Hace 55-42 millones de años. La serie de fósiles muestra el cambio en la anatomía como resultado de una sequía gradual que transformó el paisaje de una zona boscosa a una pradera. La sucesión de fósiles muestra cómo evolucionó la anatomía de dientes, patas y piernas en diferentes especies, del género Mesohippus que vivieron hace aproximadamente 40 a 30 millones de años, hacia formas que les permitía vivir en un hábitat de pastoreo, con adaptaciones para escapar de los depredadores. Especies que surgieron más tarde, como Hipparion, hace aproximadamente 23 a 2 millones de años, muestran un incremento en la talla. El registro fósil del linaje del caballo es evidencia de una serie de radiaciones adaptativas, que a la fecha se ven reducidas al género Equus, el cual tiene varias especies.

Anatomía y embriología 

Otra evidencia de la evolución es la presencia en los organismos de estructuras que comparten la misma forma básica; por ejemplo, los huesos de los apéndices en humanos, perros, aves y ballenas comparten la misma estructura general (Figure). Estas similitudes en los apéndices surgen desde su origen, a partir de un ancestro común; con el paso del tiempo la evolución en diferentes especies condujo a cambios en la forma y el tamaño de los huesos, aunque se mantuvo el diseño general, evidencia de que descienden de un ancestro común. Los científicos llaman a estas partes: estructuras homólogas; algunas de estas estructuras están presentes en ciertos organismos sin que tengan una función aparente, siendo partes residuales de un ancestro. Como ejemplo tenemos los huesos pélvicos de algunas serpientes, a pesar de que éstas carecen de piernas, estos huesos están presentes porque descienden de reptiles que tenían piernas; a estas estructuras sin función se les conoce como estructuras vestigiales. Las alas de las aves no voladoras son otro ejemplo de estructuras vestigiales, al igual que las hojas en algunos cactus, los huesos pélvicos en las ballenas y, los ojos de los animales ciegos que viven en las cavernas

Biogeografía 

La distribución geográfica de los organismos sobre el planeta sigue patrones que se explican por la conexión entre la evolución y el movimiento de las placas tectónicas a lo largo del tiempo geológico. Los grandes grupos que tienen una distribución mundial evolucionaron antes de que el supercontinente Pangea se separó, hace aproximadamente 200 millones de años. Los grupos que evolucionaron después del rompimiento de la Pangea se encuentran distribuidos únicamente en ciertas regiones del planeta, como la flora y la fauna única de los continentes septentrionales que se formaron a partir del supercontinente Laurasia, y los continentes meridionales que surgieron a partir del supercontinente Gondwana. La presencia de las angiospermas pertenecientes a la familia de las Proteaceae en Australia, el sur de África y América del sur, se debe a que esta familia de plantas se encontraba en el supercontinente Pangea antes de que éste se separara

Biología molecular 

La universalidad del ADN como material genético y de la maquinaria para su replicación y expresión, demuestran que todas las formas de vida poseen un ancestro común; y que al igual que las estructuras anatómicas, la estructura de las biomoléculas reflejan modificaciones que son producto de la evolución. La división fundamental de la vida en tres dominios se basa en diferencias estructurales mayores y en estructuras conservadas, como los componentes de los ribosomas y la estructura de las membranas celulares. En general, la relación entre los grupos de organismos se ve reflejada en la similitud de las secuencias de su ADN, de la misma forma que se esperaría por la diversificación de un ancestro común.